قسم علم الأمراض من الأقسام التي لا تعني فقط بتدريس علم الأمراض فحسب ولكنه يعني أيضا بتشخيص الأمراض، ومن ثم فإنه يعتبر حلقة اتصال رئيسية بين العلوم الطبية الأساسية والعلوم السريرية. وعلم الأمراض يهتم بملاحظة التغيرات المرضية وكيفية حدوثها ومن ثم فإنه يعتبر أساساً هاماً للتوصل إلى تشخيص المرض وعلاجه، ولذا فهو علم أساسي في إعداد طبيب المستقبل.
يقوم قسم علم الأمراض بتدريس مادة علم الأمراض التي تعني بدراسة التغيرات التركيبية والوظيفية في الأنسجة والخلايا الحية نتيجة للإصابة بمرض ما وهو بهذه الكيفية يقدم تفسيراً علمياً لما قد يشعر به المريض من أعراض وما يراه الطبيب من علامات نتيجة للإصابة بالمرض. لذا فإن علم الأمراض يعتبر حلقة الاتصال بين العلوم الطبية الأساسية والعلوم السريرية. كما إنه يعتبر الأساس العلمي التي تبنى علية جميع العلوم الطبية الأخرى. إن التطور المتسارع في طرق ووسائل التشخيص التي تعدٌت الشكل الظاهري للأنسجة للغوص في المكونات تحت المجهرية للخلايا أتاح للدارسين فرصة أكبر لمعرفة كيفية حدوث الأمراض المختلفة بما في ذلك الأورام السرطانية. كما يقوم القسم بتدريس الطب الشرعي الذي يهتم بمعاينة وتشخيص الحالات الجنائية لمعرفة أسبابها من الناحية الطبية. يعتبر برنامج الدكتوراة في علم الامراض من اهم منجزات القسم وهو الشريان الذي يغذي القسم بكوادر متميزة امتد نفعهم الي كليات اخري بالسودان وخارج السودان