هذا القسم من اكبر الأقسام بكلية الطب. ويتكون من مجموعة من الأساتذة في مختلف التخصصات في الجراحة, عند بداية الكلية في نهاية السبعينات وأوائل الثمانيات كان القسم يتكون من أخصائي الجراحة العامة فقط, ولكن مع التطور الكبير في علم الجراحة والاتجاه العالمي نحو التخصصات الدقيقة المتفرعة من الجراحة العامة كان الاتجاه في هذا القسم علي استيعاب العديد من الأخصائيين في التخصصات الخاصة في علم الجراحة, فهنالك الآن تخصصات المسالك البولية ، جراحة المناظير ، جراحة الأطفال ، جراحة الأوعية الدموية جراحة التجميل ، بجانب جراحة الأنف والأذن والحنجرة ، جراحة العيون وأخيرا جراحة القلب.
نتج عن هذا التنوع وجود هذه التخصصات النادرة بالجزيرة وتحديداً مدينة ود مدني ، ونتج عن هذا وجود مراكز متخصصة تقدم خدمات راقية جداً ومهمة لإنسان ولاية الجزيرة وإنسان الولايات المتاخمة مما رفع المعاناة عن كثير من مرضي الأقاليم وأصبحت مدينة ود مدني الآن تعرف بالعاصمة الطبية. كل هذه التغييرات ورفع مستوي الخدمات الصحية في هذه البلدة كان من ورائها إدارة جامعة الجزيرة ، وكلية الطب ، ومجالات قسم الجراحة بهذا القسم.
ودرجنا في الآونة الأخيرة لاستيعاب الشباب من الأخصائيين من خريجي هذه الكلية ، وبحمد الله فقد انضمت كوكبة من الشباب أدت دفعاً قوياً لهيئة التدريس بهذا القسم ، وقد كانت الفائدة اكبر عند أبناءنا الطلاب حيث استطعنا أن نجد من يغطي الكثير من النشاطات التعليمية للطلاب في المقررات قبل السريرية وهذا مما يرفع مستواهم عندما يحضروا للمقررات التي هي مراجعة شاملة لما أخذه الطلاب في المقررات قبل السريرية.
فعليه نتمنى أن تتعاون معنا إدارة الجامعة في خلق وظائف لاستيعاب اكبر من الخريجين وهنالك الكثير من الأماكن الشاغرة لاستيعابهم حتى تكتمل التخصصات المهمة, مما يؤدي إلي تحسين الأداء ، ووجود وقت لأعضاء هيئة التدريس للتفرغ للبحوث العلمية التي هي عماد التقدم العلمي، وحتى نلحق بركب التطور العالمي .